秘密的SML組織為了維護世界和平，阻止邪惡的黑道組織-豬蹄組征服世界的詭計，派美色潛入邪惡組織，偷取執行計畫的核心元件。在逃亡過程中，美色無意間上了小新一行人搭乘的遊船，使得小新也被捲入正邪的對抗戰中，還被帶往邪惡組織。沒想到一切都跟小新有關，因為他就是新型的電子生命體的原創者。
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由於不堪黑暗大王達克的殘暴支配，黑暗世界頓庫拉伊發生了動亂，傳說中的金矛和銀盾為了尋找能拯救他們的勇者，化身躲藏到地球上來，而這個被選定的勇者就是小新！但不知情的小新在無意間幫助敵人打開聯結頓庫拉伊世界和地球的門扉，使得達克等人能以實體來到地球，恣意將地球變成黑暗世界...
