阿鉻憑著科學知識擺脫牢房領頭陽，並憑著自己本事逃獄成功。另一方面，幻一行人用手機進行假莉莉安大作戰，逐漸增加許多夥伴；但聽力超強的羽京，聽了唱片的歌後，識破幻偽裝成莉莉安的聲音，讓千空他們陷入絕境。而羽京因看到杠執行”極機密任務”，決定與千空做了某項交易。
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就在高中生大樹決定跟暗戀多年的同學杠告白的那天，一道奇怪的光線照過，瞬間全世界的人類都變成了石頭！一心只想著未完成的心願，讓大樹的心保持著清醒，就這麼度過了數千年。終於石化解除，令他驚訝的是眼前竟然是一排文字，叫他循線過來……大樹找到目的地，看到的竟是早他半年醒來的同學千空，於是大樹決定跟千空聯手，從無到有再度打造出人類的文明。
從石器時代到現代文明，絕對要趕上這科學史的200萬年差距！前所未聞的創世冒險譚，就此開幕！全人類被神奇的現象一瞬間石化後過了幾千年——擁有超人般頭腦、天生的科學少年•千空甦醒了。在文明遭到毀滅的石之世界裡，千空決定要用科學的力量復原整個世界。召集新的同伴，創造『科學王國』。火、鐵、電、玻璃、手機……從石器時代到現代文明，千空等人努力追趕科學史的200萬年差距。然而，靈長類最強的高中生•獅子王司所統率的『武力帝国』卻阻擋在了他們面前。以淨化人類為目標的司，試圖憑藉其強大的武力，來阻止科學的發展——STONE WARS，即將開戰！
與司帝國的戰爭結束，千空等人為了拯救進入冰凍睡眠的司而出動。為了解開石化之謎，科學王國一行人終於決定前往地球的背後──新世界。 千空等人製造為了航海而需要的船隻，並且需要擁有100億神腕船長成為科學王國的同伴；千空請前記者南提供情報，得知七海財團的大少爺，過去曾乘著帆船在海上遨遊的"七海龍水"，千空決定讓他醒來。「哈哈！世界再次成為我的囊中之物！」龍水發下如此豪語，並且發揮他強大的慾望，在村子裡發行貨幣，過著豪華奢侈的生活。龍水接下擔任船長的職責，相對的他提出想得到被稱為能源之王的"石油"……。
全人類因謎樣的現象，一瞬間就石化了數千年──。擁有超人般頭腦的科學少年千空覺醒了，他決定用科學力量奪回世界，並召集新同伴創造「科學王國」。然而，最強靈長類高中生獅子王司建立了「武力帝國」；科學 vs 武力之戰來到了最後，兩國步向和解，但司卻身受重傷。
為探究石化之謎，千空準備啟程至石化發生源南美洲，他們促進了農耕和畜牧技術，並完成引擎的帆船「珀爾修斯」。千空率領成員出航前往百夜等人曾經居住的島嶼「寶島」，與島上的統治者荊棘及其部下交戰，並奪得石化裝置、取得勝利。位於石神村的琉璃用無線電向千空詢問進展，但通訊卻遭到攔劫...。
新橫濱之夜又回來了！因為某些機緣而成為搭檔的吸血鬼獵人羅納德與超絕雜魚吸血鬼德拉克，然後別忘了可愛的犰狳裘恩！持續在每個夜晚不斷上演的搞笑rush，隨著秋天書店的新刺客參戰，大家熟悉的笨蛋與變態們又將齊聚大鬧，而德拉克還是一如往常地會化為塵土！
身為精靈的主角‧芙莉蓮對於時間的概念有別於常人，透過老友的相繼離世讓她反省過去的自己，開始試著去關心身邊的人事物。藉由她的冒險之旅來探討生命的意義。
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為救出下落不明的小孩，吸血鬼獵人羅納德動身前往吸血鬼德拉克的城堡。沒想到德拉克的真面目竟然是個灰飛煙滅的頻率高得嚇人、稀世罕見的超級雜魚吸血鬼！經過一番死鬥（？）後，德拉克的城堡大崩塌並化成了一堆瓦礫！天生勞碌命的羅納德與史上最弱的吸血鬼德拉克以及犰狳裘恩，超嗨的吸血鬼即死搞笑劇現在開始！
在星元 122 年 ――眾多企業擴展到宇宙並構築巨大經濟圈的時代，有一名少女自邊境地區・水星轉來 MS 產業的最大企業「貝納里特集團」旗下所經營的「阿斯提卡西亞高等專門學園」。她名為蘇萊塔・墨丘利。內心純真的少女隨著胸口鮮紅的閃爍亮光逐步邁向新世界。
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