人類因為神秘的現象被石化了數千年…。獨自一個人在文明滅亡的石之世界（新石紀）甦醒的千空，憑著智慧過人的腦袋和科學的力量，從零開始創造了文明。過程中，為了和企圖以武力壓制科學的獅子王司對抗，千空與科學王國的夥伴們一起完成了諜報戰中最強的武器“手機＂！並繼續研發新的科學道具。準備與司帝國開戰的千空，從幻的口中得知了一項祕密作戰計畫…。
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就在高中生大樹決定跟暗戀多年的同學杠告白的那天，一道奇怪的光線照過，瞬間全世界的人類都變成了石頭！一心只想著未完成的心願，讓大樹的心保持著清醒，就這麼度過了數千年。終於石化解除，令他驚訝的是眼前竟然是一排文字，叫他循線過來……大樹找到目的地，看到的竟是早他半年醒來的同學千空，於是大樹決定跟千空聯手，從無到有再度打造出人類的文明。
與司帝國的戰爭結束，千空等人為了拯救進入冰凍睡眠的司而出動。為了解開石化之謎，科學王國一行人終於決定前往地球的背後──新世界。 千空等人製造為了航海而需要的船隻，並且需要擁有100億神腕船長成為科學王國的同伴；千空請前記者南提供情報，得知七海財團的大少爺，過去曾乘著帆船在海上遨遊的"七海龍水"，千空決定讓他醒來。「哈哈！世界再次成為我的囊中之物！」龍水發下如此豪語，並且發揮他強大的慾望，在村子裡發行貨幣，過著豪華奢侈的生活。龍水接下擔任船長的職責，相對的他提出想得到被稱為能源之王的"石油"……。
全人類因謎樣的現象，一瞬間就石化了數千年──。擁有超人般頭腦的科學少年千空覺醒了，他決定用科學力量奪回世界，並召集新同伴創造「科學王國」。然而，最強靈長類高中生獅子王司建立了「武力帝國」；科學 vs 武力之戰來到了最後，兩國步向和解，但司卻身受重傷。
為探究石化之謎，千空準備啟程至石化發生源南美洲，他們促進了農耕和畜牧技術，並完成引擎的帆船「珀爾修斯」。千空率領成員出航前往百夜等人曾經居住的島嶼「寶島」，與島上的統治者荊棘及其部下交戰，並奪得石化裝置、取得勝利。位於石神村的琉璃用無線電向千空詢問進展，但通訊卻遭到攔劫...。
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