兇惡宇宙人扎拉布星人為了毀滅地球而派出宇宙大怪獸貝蒙斯坦。因為大地被貝蒙斯坦的攻擊捲入導致明日奈失去了冷靜。至於追擊扎拉布星人的渡和隼人兩隊員則因為彼此之間的競爭心導致任務失敗，讓扎拉布星人逃掉了。接受了神木隊長關於團隊合作重要性的教誨後，明日奈等人再次團結出發前往救助X！
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由日本圓谷製作製作的特攝電視劇，是屬於超人力霸王列傳。X，是「巨大謎團」，X，是「未知的可能性」，X，那就是「連繫的心，連繫的力量」！溫柔的少年，大空大地與從宇宙飛來的神祕生命體相會之時，就是超人進化之日…
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神秘的D60星球，是宇宙幻獸拳的發源地。宇宙幻獸拳是一種神奇的宇宙拳法，鬥士們通過與該星球的守護神宇宙幻獸簽訂契約，可以用它們的力量進行戰鬥。在阿魯德大師的帶領下，宇宙幻獸鬥士們努力訓練著。有一天，一個年輕人漂流到了D60上，他除了名字以外失去了所有記憶，他的名字叫超人力霸王雷古洛斯。
一道詭異的聲音響徹天空。聽到的人們紛紛失去知覺，最後甚至消失無蹤。前往調查的專家小組「GUTS-SELECT」，遇到的卻是接二連三來襲的外星人大軍，以及駕駛漆黑要塞型太空艦「佐爾加烏斯」，扭曲了地球天空的統治者「基貝魯斯教授」。一位認識基貝魯斯的神秘女子突然降臨在苦苦奮戰中的奏大等人面前。
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"在超人力霸王特利卡擊敗闇之巨人十年後，昔日的怪獸災害已消滅，地球似乎恢復了和平。人類的目光進一步轉向宇宙，而怪獸災害的對策規模開始縮小。就在這時，突然飛來的神秘宇宙浮遊物體「索菲亞」開始襲擊地球，人類與宇宙的聯繫被斷絕，成為了「孤島般的星球」…"
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