意氣風發、決定以超高校級的幸運的身分到私立希望峰學園就讀的少年苗木誠。然而在他踏入校園內的瞬間，他失去了意識。當苗木再次醒來時，卻與連同他在內的15人的學生們一起被監禁在學園之中…而現在，恐怖遊戲將展開序幕。
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絕望篇的舞台在希望之峰學園的教室。集合了各個領域的超一流高中生，為了培育他們而設立的，政府公認的特權學園「私立希望之峰學園」。這所學園，存在著集中了超高校級的才能的「本科」，以及只要支付高額學費，就誰都可以進入的「預備學科」。不僅是才能，性格也獨具個性的本科77期生。
來自HAPPY星的外星人章魚嗶，目的是在地球散播HAPPY。然而出師不利，一來到地球他就差點餓死，此時救了他一命的是平凡的少女小靜。然而章魚嗶發現，小靜卻始終沒有笑容。為了讓小靜找回遺失的笑容，章魚嗶努力奔走，然而小靜所處的環境卻是遠超乎章魚嗶所能想像的嚴苛，在這樣的情況下，章魚嗶究竟犯下了什麼樣的大罪？
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小森唯聽從父親暫時寄宿遠房親戚家，卻發現她的親戚其實是「吸血鬼」，她必須和六個性格糟糕的兄弟同住，照著他們的夜間作息生活，並一同到「嶺帝學院高中」上課。每天過得膽顫心驚、隨時都有可能被吸血的她，是否能保有自身的信仰並活下來？
遠離都心，被濃郁的大自然包圍的村落——雛見澤村。曾經沉沒於水庫之下的村莊，如今以原來的模樣，迎來了轉校生•前原圭一。對於在都市中長大的圭一來說，和雛見澤的夥伴們度過的熱鬧又閒適的生活，仿佛是永恆的幸福時光。一年一度的村中祭典，棉流祭。那一天的到來，打破了一切…。昭和五十八年，六月。暮蟬悲鳴時。日常生活突然宣告結束，無盡的慘劇連鎖開始——。
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