寶太郎等人團結一心，組成了食堂一之瀨聯盟，決定一起守護人類跟克米。面對嚴峻的現況，蓮華提出要攻進被敵人占據的鍊金學院，卻遭到一直很循規蹈矩的凜音反對，面對蓮華的質疑，凜音一時語塞並陷入長思……。
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鍊金術……。可以把卑金屬鍊成貴金屬，也能透過其中的特殊技術， 孕育出以這世間萬物為樣本的人工生命體「克米」，其數量共有101隻。 克米原本被封印在「騎乘克米卡片」裡慎重的保管著， 但之後卻又被某個神祕人物全部釋放了出來。 克米會跟擁有善意的人產生共鳴並結為夥伴， 但是，也會跟人類的惡意結合，轉變成名為瑪魯加姆的怪物…...。 把被釋放到現代世界的克米全部回收吧！打倒克米與惡意結合的瑪魯加姆， 重新封印進騎乘克米卡片吧！
匯集鍊金術的最高技術，以世間萬物作為模型所創造的人工生命體「克米」，被保存在卡片中保管著。然而，本該慎重保管的克米卻從卡片中一齊被釋放出來。偶然被捲入事件中的普通高中生「一之瀨寶太郎」，被託付假面騎士Gotchard的變身腰帶，同時被賦予回收散落在世界各地的克米的使命。
在人界蠢蠢欲動的生命體——格拉紐特，他們為了得到「黑暗點心」綁架人類。來自異世界的青年生真，為了拯救人類挺身而戰，和藉由吃零食誕生的小小怪物口嚼獸一起，用形狀像嘴巴的腰帶變身成假面騎士GAVV！SET&EAT，變身！軟糖、洋芋片、棉花糖、巧克力、糖果……用零食的力量變強，保護人類不受格拉紐特侵害，「零食」英雄，假面騎士GAVV的戰鬥就此揭開序幕！
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《假面騎士 GEATS》的故事中，為了自神祕的敵人「邪魔徒」手中保護城市和平，主角們將變身為假面騎士，參加名為「願望大賽」擊潰敵人獲得點數，藉由成為競賽的贏家獲取「實現理想世界」的權利。
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17年前（1994），月球上的研究基地因不明原因發生爆炸，一人喪生…而在現代（2011），有名為「天文裝置（Astro Switch）」的神祕物品出現，為人們打開踏入宇宙的可能…看似平凡的天之川學園高中，陸續發生怪異事件，然而這其中卻另有祕密？如月弦太朗這位轉學生的轉入，也同時是一連串事件的開始…
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