就讀於秋葉原魔法學園《魯．庫塞爾》的山田·雷納德·緋月，今天也在教室的一角發出了一聲深深的嘆息。另一方面，成功擊敗馬爾庫斯並救回瑪琪娜的貝爾托爾，目光已經轉向下一個目標。據說他想尋找的東西，正隱藏在秋葉原市內——。
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在首都西部的這個城市中，「超能力開發」被列為學校課程的一部分。上條當麻因為寄宿在他右手的力量，被評價為吊車尾的「無能力」，直到從天而降的修女改變了他的日常生活。科學與魔法將數度度交鋒，一切都將發生巨大的改變！
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