2001年12月25日。「甲21號作戰」展開行動。以帝國與聯合國為中心的聯軍開始登陸。但是外星起源種占領的佐渡島守備森嚴。為了打破現狀，讓淒乃皇貳型攻擊HIVE，白銀武等人所在的伊隅女武神隊前往壓制狙擊開始地點。
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這是在極限狀態的世界中戰鬥的人們紡織的羈絆物語——存在於這個時空，無數的平行世界之一——人類在那裡，驅使著被稱為戰術步行戰鬥機（戰術機）的人形兵器，與宇宙起源生命體「BETA」持續戰鬥了數十年。被逼入滅亡危機的人類，在這殘酷的命運中究竟如何活下去？
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KING OF THE BRAVES GAOGAIGAR FINAL
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86－Eighty Six
2050年，一隻怪獸進入月球後使月球有空氣，從此地球上的部分人類移居到月球。2100年，一位名為遙大地的少年，在抽獎中贏得前往月球旅行的機票。遊覽月球時，偶遇「長耳族人」的魔法師婆婆及其孫女，幫忙組合魔動器期間被魔法師婆婆發現是傳說中挑選駕駛「地動王Granzort」的「大地與炎之魔動戰士」…
故事背景設定在透過大腦與科技結合的技術革新建立起新文明的近未來世界。為了對抗從天而降、覬覦發達人腦的神秘變種人「怪異」，人類集結了具備特殊超腦力的「腦力者」，組成「怪異討伐軍」來保護眾人的生活免於威脅。
西曆5012年，突然向地球飛來的＜外星人＞與其＜機械生命體＞，讓人類身陷滅絕的危機。僅存的人類逃往月球，並為了重回地球開始＜人造人＞反攻作戰。但是，無限增殖的＜機械生命體＞使戰爭進入膠著，人類派出最終兵器新型人造人＜寄葉＞前往地球。抵達新地球的＜2B＞與＜9S＞共同執行任務，遭遇了數個不可思議的現象…這是一個為了人類而戰，＜人造人＞們的物語——
遊戲《尼爾:自動人形》是接續《尼爾:人工生命》世界觀與故事背景的作品，故事敘述遙遠的未來，人類遭到外星人操縱的「機械生物 」壓倒性戰力威脅而敗退逃到月球。玩家將扮演隸屬機器人部隊「 寄葉」的人造人「 2B」 , 投身奪回地球的激烈戰役。
