日本是怪獸出現率名列前茅的「怪獸強國」。日比野卡夫卡，32歲，任職怪獸清潔公司，做著怪物屍體清潔工的工作。他在小時候與兒時好友亞白米娜約定「一起消滅所有怪獸」，但米娜已經成為日本防衞隊第3部隊的隊長，反觀自己已經放棄加入防衞隊的夢想，過著平庸的生活。這時卡夫卡的公司來了個新人——市川雷諾，他們遇到怪獸襲擊，當卡夫卡在醫院養傷時被一隻神秘的生物侵蝕，將他的身體變成了一隻怪獸，其後被命名為「怪獸8號」。
