在首都西部的這個城市中，“超能力開發”被列為學校課程的一部分。根據能力不同，可以分為5級，從無能力到超能力。上條當麻是學園裏的一個無能力者，但並非完全沒有能力，而是他的能力是能夠將一切異能效果無效化…
一方通行是君臨於能力者頂點的最強能力者。他在反覆進行著脫離常軌的「實驗」、追求絕對性力量的過程最後嚐到了敗北的滋味。在那之後，因為與一位少女．最後之作的相遇，使他的命運產生了巨大的變化。最強最凶之「惡」．一方通行，即將排除學園都市之中的「黑暗」！
