位於東京西部的巨大「學園都市」。在這座人口多達230萬,其中約八成都是學生的城市,實施著為開發超能力而設計的特殊課程,學生們的能力從「無能力(Level 0)」到「超能力(Level 5)」,被劃分為六個等級。這是個擁有遠遠超越世間常識的科學技術,任何人都被賦予科學能力,能夠安全生活,宛如夢一般的教育機構。然而,在和平的背後,卻存在著承接那些絕不能公諸於世的骯髒工作的「暗部」組織。「道具」——由四名少女組成的精銳部隊。能夠自由操縱氮氣、負責鐵壁般防禦的絹旗最愛。運用爆裂物與陷阱,將戰場玩弄於股掌之間的芙蘭達.塞維倫。能夠感應能力者發出的微弱力量,藉此追蹤目標的瀧壺理后。以及,學園都市僅有七人的「超能力者(Level 5)」之一,麥野沈利。而她們的面前,出現了「第五位」少女。與她的相遇,使「道具」踏入新的黑暗。這是描寫一群相當與眾不同的能力者少女,她們充斥著暴力、殘酷與悖德的日常及情誼,以及那深不見底的「黑暗」的故事。
在東京,有個佔據了西部大半的巨大都市「學園都市」,其中學生均會接受超能力開發課程。學園都市中一座名門學校常盤台中學,有位站在超能力者頂端的少女御坂美琴,和另一位身為「風紀委員」的學妹白井黑子,為了守護都市的和平,因而被捲入了學園都市中所發生的種種事件之中…
在首都西部的這個城市中,“超能力開發”被列為學校課程的一部分。根據能力不同,可以分為5級,從無能力到超能力。上條當麻是學園裏的一個無能力者,但並非完全沒有能力,而是他的能力是能夠將一切異能效果無效化…