大清神捕2閻王寶藏一案之後，梅雨墨繼承帝位，白雪晴逃離了京城。幾年過去，陽城爆發瘟疫，蔓延至京城，梅雨墨帶上佟安出宮微服私訪，二人身陷黑店之際，被一日本女孩晴明所救。另一邊，白雪晴同秦三川進京調查瘟疫的原因。機緣巧合之下，白雪晴與梅雨墨匆匆相遇...
大清神捕十九世紀中葉，鴉片戰爭後中國近代史正式拉開帷幕，時值清廷內憂外患，而此時的南方陽城，一起聳人聽聞的剝皮案，更是引起各方勢力的蠢蠢欲動。陽城縣熱血捕快白雪晴的查案之路被縣長何玉庭阻攔，卻意外和暗訪的四阿哥發現人皮案的後面涉及到關係着大清命運的閻王寶藏，兩人尋寶之路正式展開...