機動戰士鋼彈SEED FREEDOM時值C.E.75，戰火仍未停歇，接連爆發了獨立運動、藍色宇宙策劃的侵略行動等事件……為了平息事態，以拉克絲為首任總裁的世界和平監視機構「羅盤」就此創立，煌等人作為組織成員開始介入各地的鬥爭。就在此際，新興國家「基金國」提議以聯合作戰形式進攻藍色宇宙的總部。
影子籃球員中學聯賽三連霸的籃球強豪「帝光中學」，部員數超過百人，其中更有著被譽為「奇蹟的世代」的五位天才籃球選手，和一個既沒有出場紀錄，也無人記得他的人——夢幻的第六人。天才籃球選手火神大我立志打敗「奇蹟的世代」並成為日本第一的籃球選手，而黑子哲也決定成為他的「影子」幫助他！