約會大作戰五河士道原以為平凡的日常，因為遇見一名被稱為「精靈」的少女而被打破。伴隨著一陣突如其來的衝擊波，街道就這樣消失得無影無蹤。摧毀世界的災難、充滿謎團的怪物、被世界否定的少女。阻止這一切的方法只有兩種：殲滅或對話。身穿軍服的琴里對士道說：「所以你必須與精靈約會，並且讓對方迷戀上你！」
冰菓以節能為座右銘的高中生折木奉太郎，為一個小小的原因而加入了瀕臨廢社的『古籍社』。古籍社的社員包括他在社裏認識的好奇寶寶，也就是女主角千反田愛瑠，還有他從國中就認識的伊原摩耶花和福部里志。這是他們四人以神山高中為舞台，對一樁樁事件展開推理的青春學園推理劇！