《幻想水滸傳 The Anime》將以遊戲《幻想水滸傳 2》的故事為背景，描述主角和好友喬伊身為高地王國的少年兵部隊「獨角獸隊」的一員， 參與了與由五都市一騎士團所組成的裘斯頓都市同盟之間，曠日廢時的邊境戰爭。就在幾個月之前，兩方勢力間終於達成停戰協定，疲於應付戰爭的民眾也為此感到高興。然而，新的戰爭星火仍在持續延燒…
