牧神記主角秦牧，幼時被一女屍托舉至涌江邊並被司婆婆撿到，村長根據玉佩上的字為其取名為「秦牧」。被一隻母牛哺乳長大，是天生凡體，但被村長騙為霸體，修煉霸體三丹功。後走出大墟闖蕩，進入京城，拜入太學院。歷經考驗成為天魔教教主，並被延康國封為第一任太學博士。秦牧在延康國叛亂之戰中引來魔神，掀起浩蕩風雲，後隨武可汗入樓蘭黃金宮，一個人打遍聖宮無敵手,麻翻無數大巫，盜走無數珍寶。後返回延康,助國師平叛、入京城斬殺太子、造射日神炮。秦牧得人皇傳承成為新一代人皇。機緣巧合下遇到了親生父親,揭開了自己的身世,藉助道門小玉京等人的幫助，開啟了道法神通改革的大世。一步步逐漸成長，作為延康變法三傑之一，為芸芸眾生而戰。