來自深淵名為「深淵」的大洞，充滿不可思議的神秘樣貌，吸引人們前仆後繼地前去冒險。漸漸地，大家將那些多次挑戰大洞的冒險者們稱為「探窟家」。住在深淵邊緣城鎮“奧斯”的孤兒莉可，夢想著有朝一日成為母親那樣偉大的探窟家，並解開深淵的謎團。某一天，莉可在探索深淵的途中，撿到了有著少年樣貌的機器人……？
黑色子彈人類在與病毒性寄生生物「原腸動物」的戰爭中落敗，被迫退到荒廢的國土一角苟延殘喘。在時間的流逝下，人類中出現了能控制原腸動物病毒被稱呼「受詛之子」的最後希望，而負責專抗原腸動物的民警里見蓮太郎與「受詛之子」藍原延珠搭檔。某天接獲了政府的特別命令，內容則是避免東京毀滅的高度機密任務…