直枝理樹和青梅竹馬棗恭介、棗鈴、井之原真人、宮澤謙吾等人在高中三年級決定留下燦爛美好的回憶，於是組成Little Busters!棒球隊。某天確在恭介的貓身上發現一張紙條：「請找出這個世界的秘密」。
延續第一季的友情，第一季中尚未交代到的世界的秘密即將在《LittleBusters!refrain》揭曉。
