旋風管家！ 第二季因為雙親欠債而被黑道追殺的綾崎颯。被逼得走投無路時，在公園遇上一位少女，颯對少女說了些令人誤解的話，之後還成了她的救命恩人。那名少女是三千院財閥大小姐三千院凪，僱用了颯當管家，並且償還了他的債務。颯為了保護大小姐，堅持這筆一定會還她，就因為這樣颯成為「負債管家」的日子開始了。
冰菓以節能為座右銘的高中生折木奉太郎，為一個小小的原因而加入了瀕臨廢社的『古籍社』。古籍社的社員包括他在社裏認識的好奇寶寶，也就是女主角千反田愛瑠，還有他從國中就認識的伊原摩耶花和福部里志。這是他們四人以神山高中為舞台，對一樁樁事件展開推理的青春學園推理劇！