槍彈辯駁 3 未來編未來篇的舞台在未來機關的秘密基地，因苗木袒護「絕望殘黨」而被未來機關總部的成員懲處，不料一同遭到黑白熊監禁，進而進行「最後的互相殘殺」。手被手銬銬住，一段時間還會投入昏眠藥。而且在這之中還有「背叛者」存在，藉由大家昏睡時殺人。
槍彈辯駁 3 絕望編絕望篇的舞台在希望之峰學園的教室。集合了各個領域的超一流高中生，為了培育他們而設立的，政府公認的特權學園「私立希望之峰學園」。這所學園，存在著集中了超高校級的才能的「本科」，以及只要支付高額學費，就誰都可以進入的「預備學科」。不僅是才能，性格也獨具個性的本科77期生。