故事以私立風華學園為舞台,一群被稱為「HiME」的少女聚集於此。她們雖然擁有特殊能力,平時卻和一般學生沒什麼不同,也有各自的戀愛、友情與煩惱。然而,平靜的校園裡,卻流傳著神祕怪物「無依者」出沒的傳聞。為了對抗「無依者」,理事長風花真白暗中將HiME集中於校內。轉學生鴇羽舞衣也在一次事件中喚醒自己的HiME力量。隨著戰鬥接連發生,少女們的日常開始改變,彼此的感情與關係也受到考驗。
國二少女鹿目圓,過著平凡幸福的生活。神秘轉學生曉美焰的出現,讓小圓的命運開始有了巨大轉變。某日一隻名為丘比的神祕生物,希望小圓能夠與牠簽訂魔法契約,成為「魔法少女」以對抗邪惡的魔女保護世界。但是要付出的代價,卻讓少女們驚恐絕望…