黑色子彈人類在與病毒性寄生生物「原腸動物」的戰爭中落敗，被迫退到荒廢的國土一角苟延殘喘。在時間的流逝下，人類中出現了能控制原腸動物病毒被稱呼「受詛之子」的最後希望，而負責專抗原腸動物的民警里見蓮太郎與「受詛之子」藍原延珠搭檔。某天接獲了政府的特別命令，內容則是避免東京毀滅的高度機密任務…
冰菓以節能為座右銘的高中生折木奉太郎，為一個小小的原因而加入了瀕臨廢社的『古籍社』。古籍社的社員包括他在社裏認識的好奇寶寶，也就是女主角千反田愛瑠，還有他從國中就認識的伊原摩耶花和福部里志。這是他們四人以神山高中為舞台，對一樁樁事件展開推理的青春學園推理劇！