一對兄弟因為思念已故母親,觸犯了鍊金術的最高禁忌「人體鍊成」而失去一切。裝上機械鎧、有「鋼之鍊金術師」之稱號的哥哥愛德華·愛力克,以及靈魂被固定於鎧甲的弟弟阿爾馮斯──他們為了取回失去的東西,踏上尋找賢者之石的旅程。隨著接近賢者之石的真相、在巨大的陰謀中勇往直前。暗地活躍的非人類、徐徐露出本質的軍事國家亞美斯多利斯、受虐民眾的無比憎恨與復仇怨念、鍊金術帶來的種種悲劇……散於各點的悲劇,終將連成線,人民、甚至國家都會被捲入其中。
女神在過去創造了九大種族。人族是其中最為弱小,總是被譏笑的存在。人族少年萊特幸運地加入由九大種族組成的隊伍「種族集合」,度過了短暫的幸福時光。然而,那不過是轉瞬即逝的幻想。等待他的,是在世界上最大最兇險的迷宮「奈落」中遭到背叛。在奈落深淵中倖存的萊特,這時才知道自己的天賜技能「無限扭蛋」真正的力量。自絕望的深淵爬起,萊特築起最強的王國。憑藉獨一無二的天賜技能「無限扭蛋」,撼動世界的「復仇劇」即將揭幕!
故事以老師被聯邦學生會行政官七神琳叫醒,得知聯邦學生會長突然失蹤開始。與面對前來直轄區質詢的學生組織幹部們見面後,老師指揮她們與越獄的逃犯們交戰,來到了夏萊所屬建築前。在夏萊的地下室裡,七神琳撿起地上的希迪姆的箱子交給老師。