在東京，有個佔據了西部大半的巨大都市「學園都市」，其中學生均會接受超能力開發課程。學園都市中一座名門學校常盤台中學，有位站在超能力者頂端的少女御坂美琴，和另一位身為「風紀委員」的學妹白井黑子，為了守護都市的和平，因而被捲入了學園都市中所發生的種種事件之中…
在首都西部的這個城市中，“超能力開發”被列為學校課程的一部分。根據能力不同，可以分為5級，從無能力到超能力。上條當麻是學園裏的一個無能力者，但並非完全沒有能力，而是他的能力是能夠將一切異能效果無效化…
